脳とコンピュータを接続するブレイン・マシン・インターフェイスが世界でも一般化している近未来。海外から苛烈なサイバー攻撃にさらされた日本政府は、サイバー空間での治安確保を目的に新機関「情報通信保安庁」を設立する。　だが、それを嘲笑うかのように、コンピュータ・ウィルスによる無差別大量殺人が発生。神を名乗る謎の犯人を追う情報通信保安庁警備部・御崎蒼司は、その一方で、恋愛に鈍感な美しい同僚に翻弄されるのだった――。

京都の一角に佇む「からくさ図書館」は、優しげな図書館長の青年と可憐な少女とが二人きりで切り盛りする、小さな私立図書館。紅茶か珈琲を味わいながら読書を楽しめる、アットホームなこの図書館には、その雰囲気に惹かれて奇妙な悩みと出会ったお客様が訪れる。それぞれに悩みを抱えるお客様に、図書館長・小野篁が差し出すのは、解決法が記された不思議な書物で―。

大学生・神崎理緒は、とある事情で海外民俗学を担当する美貌の外国人・氷室教授の助手となる。まるで貴族のように尊大で身勝手、危険な役目も平気で押し付けてくる教授にも、「人ならざる」秘密があって……。

“第四真祖”──　それは伝説の中にしか存在しないはずの世界最強の吸血鬼。十二体もの眷獣を従え、災厄を撒き散らすといわれる幻の吸血鬼が、日本に出現したという。その“第四真祖”監視と抹殺のため、政府は“剣巫”と呼ばれる攻魔師の派遣を決定。しかしなぜか監視役として選ばれたのは、見習い“剣巫”の少女、姫柊雪菜だった。対真祖用の最強の霊槍を携え、魔族特区“絃神市”を訪れる雪菜。そこで彼女が遭遇した“第四真祖”暁古城の正体とは!?

保育士の山川陽子は、ある日保護者の迎えが遅い園児・百代灯衣を自宅まで送り届けることになる。灯衣の自宅は治安の悪い繁華街の雑居ビルにあり、しかも日暮旅人と名乗るどう見ても二十歳前後の父親は、探し物専門という一風変わった探偵事務所を営んでいた。
　澄んだ目をした旅人と、人形のように美しい灯衣。名字の違う不思議な親子に興味を惹かれた陽子は、探偵事務所を度々訪れるようになる。そして、旅人が持つある“能力”を知ることになる。匂い、味、感触、温度、重さ、痛み。旅人は、これら目に見えないモノを“視る”ことができるというのだが――？