２年最後の「学年末特別試験」を経て、３年生をＡクラスで迎えるにいたった堀北たち元１年Ｄクラス。だが最大の立役者・綾小路清隆がクラス移籍をしてしまう。堀北クラスの生徒たちは混乱と混沌の感情に陥いるが――たった一つの残酷な事実がそこには存在していた。堀北たち３年Ａクラスは、『綾小路清隆』に勝利せねば、Ａクラスで卒業できない。
成長を見せる龍園とＢクラス、綾小路のＣクラスと一之瀬のＤクラスに新たな繋がりが生じる中、３年最初の特別試験『全体、少数戦学力総合テスト』が発表される！　Ａクラスで卒業できるのはたった１クラス。頂点に立つのはどのクラスなのか！　待望の『３年生編』スタート！

希望する進学、就職先にほぼ１００％応えるという高度育成高等学校。毎月１０万円相当のポイントが支給され髪型や私物の持ち込みも自由。だがその正体は優秀な者が好待遇を受けられる実力至上主義の学校で……!?

高度育成高校での２度目の春を迎えた綾小路達Ｄクラス。待ち受けるは試験だけではなく、個性的な新１年生達。中学時代龍園と悪名を二分した宝泉和臣、同じ中学出身を名乗り櫛田に接近する八神拓也、気分屋で綾小路を引っ張り回す天沢一夏。そして４月最初の特別試験は１、２年生がペアとなる筆記試験。ペアの合計点が基準を下回れば２年生のみ退学となる。
ペアを組む必要上、綾小路もホワイトルーム出身の１年生を見抜けなければ即退学の状況となり――!?