『神裂火織編』――イギリス清教『必要悪の教会』のオーダーを受け、神裂火織がツアーガイドの少女とジーンズショップのエロ店主を携え、“神話”に彩られた不可解な事件に立ち向かう……！！
『「必要悪の教会」特別編入試験編』――『法の書』を巡る激闘の後、五和たち天草式十字凄教はローマ正教の脅威から逃れるため日本を離れ、はるか遠く英国へと身を寄せるのだが……。
『ロード・トゥ・エンデュミオン』――大覇星祭を控えた学園都市で、上条当麻とインデックスは、いつもの放課後を満喫していた。しかし、偶然上条が触れた「とある建造物」を契機に、ステイル＝マグヌスが強襲する。さらに現れたのは、露出の多いセーラー服の褐色少女で……？

自分の部屋に、純白のシスターがいきなり空から降ってきた。「ありえねぇ……」上条当麻はつぶやくが、そのシスター姿の少女はこう言った。自分は魔術の世界から逃げたきた――と。ここは”超能力者”が”一般科学”として認知された、アンチ・オカルトの学園都市。上条は『インデックス』と名乗る謎の少女の言動をいぶかしむが、二人の前に本当に”魔術師”が現れて――！

ローマ正教の暗部 『神の右席』 最後の一人、フィアンマがロシアから起こした第三次世界大戦は、上条当麻の活躍により終結した。彼の、消失と共に。　ここは上条当麻が存在しない世界。　魔術サイドは再編・改善がすすみ、信徒たちには安息の日々が訪れていた。　科学サイド総本山の学園都市では、最強の超能力者・一方通行が、『闇』 と手を切り、打ち止めや番外個体と共に騒がしくも穏やかな日常を過ごしていた。そこには 『グループ』 の影も無い。元スキルアウトの無能力者・浜面仕上は、ロシアで手に入れた『闇』との交渉材料を懐に、絹旗、滝壺、そして帰ってきた麦野と共に新生 『アイテム』 を結成、活動を再開する。闇からの 『卒業生』 たちは、平穏を手に入れたのだ。── 凶悪な 『新入生』 が、彼らの前に現れるまでは。

科学と魔術が混在する世界。
　ここは、超能力をカリキュラムとする科学サイド最高峰の学園都市。人口の8割が学生というこの街で、ついに、あらゆる住人がウキウキソワソワする季節がやってきた！
　クリスマス・イヴである。
　街並みからして楽しげな喧噪を見せる中、平凡な落ちこぼれ少年・上条当麻もこのイベントに乗り遅れまいと！　補習に勤しんでいた……。
　デフォルトの不幸体質野郎を尻目に、彼の寮に居候する銀髪シスター・インデックスはいつもと違う心躍る光景に、新たな食いしん坊スキルを発動!?　それを必死で止めようとする上条の前には、イヴの空気にやられた御坂美琴まで現れて、『創約』編は賑やかに開幕する!!

『超能力』が“一般科学”として認知された『学園都市』。その平和の裏には表沙汰にできない任務を請け負う『暗部』組織が存在する。
『アイテム』――四人の少女で構成される精鋭部隊だ。能力者が発する微弱な力を読み取り追跡ができる滝壺理后。爆発物やトラップを用いた戦闘が得意なフレンダ＝セイヴェルン。窒素を自在に操り防御を担う絹旗最愛。そして学園都市が誇る七人の超能力者の一角、麦野沈利。学園都市の暗闇を自由に生きる彼女たちが、静かに標的に狙いを定める――！

「ブ・チ・コ・ロ・シ・か・く・て・い・ね」

　これは、やがて「凄惨な事件」へと至る少女たちの、出会いと友情と暗闇の物語。