君には夢があるかい？残念ながら、ぼくにはそんなものはない。でもこの物語に出てくる少年少女達は、みんなそれなりに願いを持って、それが叶えられずウジウジしたり、あるいは完全に開き直って目標に突き進んだり、また自分の望みというのがなんなのかわからなかったり、叶うはずのない願いと知っていたり、その姿勢の無意識の前向きさで知らずに他人に勇気を与えたりしている。　これはバラバラな話だ。かなり不気味で、少し悲しい話だ。――え？　ぼくかい？　ぼくの名はブギーポップ――。

世界からすこしだけ逸脱した少年少女たちが集うNPスクール。統和機構の監視下のもと自らの置かれた危険な立場を知らずに無邪気な遊戯を続ける彼らに紛れ込む謎――エンペロイダー。それは虚空の王にして螺旋の支配者。世界の未来も過去も、希望も絶望も、勝利も敗北も、すべてを制覇するという存在が影を落とすとき、子供たちに迫るのは輝ける将来か、崩壊の足音か……。

特殊能力者“奇蹟使い”である僕と妹のアノーはこの愚かな時代を変えるべくある計画を実行したが、それは僕らの予測を超え、戦場で敵同士として出会った若者と少女の数奇な運命を導くことになる。少女の名は夢幻。彼女は十七歳の戦略兵器。そして若者は報われぬ一兵士に過ぎなかったが、実は彼、トモル・アドこそが僕らの戦争世界の運命を握っていたのだった。――これは戦い殺しあい、出会ってすれ違う人々と夢をなくした機械達の叙事詩。

十七歳の僕は皇帝。でも自分が偉いという気は全然しない。綺麗で優しい婚約者のユイ姫ともぎくしゃくする毎日。伝統と義務ばかりが重たく、自分がしたいことも見つからない……そんな僕が憧れるのは、かつて全世界を相手に戦ったという美しき性別不明の戦鬼ルルド・バイパーだった。だがその子供っぽい憧れが、やがてこの世のすべてを揺るがす混乱に発展しようとは――これは無為無策（でたらめ）な夢物語の顛末――。