2099年6月10日、文弥と亜夜子は19歳の誕生日を迎えた。達也や深雪、リーナにお祝いされ、束の間の休息を楽しむ文弥たち。
　だが、黒羽家の東京拠点を任されるふたりに新たな任務が。人さらいが増加しているため、文弥が調査へ向かうと、魔法大学に通うロシア系ハーフの阿部ミラがさらわれている現場に遭遇する。文弥は難なくその場を対処する。
　ミラは四葉家の遠い親戚で、旧ロシアの大富豪の愛人の子孫だったため、今後もロシア人に狙われる可能性が高い。
　そのため、文弥と亜夜子が護衛につくのだが、命の危機を助けてもらったこともあり、ミラの文弥への態度がどこかぎこちなく……？

魔法が現実の技術となって、一世紀 ──。　新入生の季節。この 『魔法科高校』 にも、一組の血の繋がった兄妹が入学した。　兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。　妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。

　一般社団法人『メイジアン・カンパニー』。
　達也が専務理事に就任したその組織の目的は、魔法適性はあるものの実用レベルに至らない存在、メイジアンの人権保護の実現。魔法師が兵器ではなく人間として生活できる新時代へ向け、達也は大学生ながら、確実に歩みを進めていた。
　戦略級魔法師を凌駕する影響力を持つ達也の動向は、当然ながら世界中から注目を集める。USNAにある魔法師の結社『FEHR』から、達也の動向を探るべく刺客が送り込まれ……。

西暦二〇九四年の春。暗殺を生業とする少女・榛有希は、その現場をある男子中学生に目撃されてしまう。
　憂いを断つべく男子中学生を消そうするも、フィジカルブーストの超能力者である有希でもまったく太刀打ちできない。その謎の少年の名は、司波達也。
　相手が普通の少年であったなら、
　相手が魔法師でなければ、
　相手が司波達也でなければ――。
　規格外の少年と暗殺者の少女。二人の出会いが運命をより数奇なものへと変えていく。

伝説の魔法師・司波達也とその妹・深雪が卒業して一年。魔法科高校に二人の少女が入学する。
　十文字アリサと遠上茉莉花。
　幼少から本当の姉妹のように育てられてきたが、「とある」事情で二年前からアリサは魔法師の名家、十文字家に預けられていた。彼女たちは、第一高校に入学したことで久しぶりの再会を果たす。
　無邪気で無防備なアリサと茉莉花。
　魔法の勉強、部活、友情、青春、そして恋――たくさんのドキドキワクワクに胸踊らせながら、二人の魔法科高校での生活が幕を開ける！