全戦線の同時崩壊から間もなく、前線の全兵に告げられた後退禁止の命令と後背に敷設された地雷原。征路を〈レギオン〉に、退路を人の悪意に鎖される在り様は“第86区”と呼ばれた戦場と何一つ変わらなかった。いち早く事態を察知したシンたち機動打撃群は、首都に“軟禁”されているレーナたちの支援のもと、リュストカマー基地を本拠に防衛線を構築。かつての轍は踏むまいと奮戦を続け、きたる〈大君主〉作戦実行の時に向けて、希望の火を灯し続ける。しかし苛烈な猛攻の末、ついに〈レギオン〉の魔の手がシンに及び、機動打撃群はかつてない危機を迎える――！

サンマグノリア共和国。そこは日々、隣国である「帝国」の無人兵器《レギオン》による侵略を受けていた。しかしその攻撃に対して、共和国側も同型兵器の開発に成功し、辛うじて犠牲を出すことなく、その脅威を退けていたのだった。
　そう――表向きは。
　本当は誰も死んでいないわけではなかった。共和国全85区画の外。《存在しない“第86区”》。そこでは「エイティシックス」の烙印を押された少年少女たちが日夜《有人の無人機として》戦い続けていた――。死地へ向かう若者たちを率いる少年・シンと、遥か後方から、特殊通信で彼らの指揮を執る“指揮管制官（ハンドラー）”となった少女・レーナ。二人の激しくも悲しい戦いと、別れの物語が始まる――！