キリトvs謎多き《銃使い》イスタル。アリスvs皇帝アグマール。宇宙軍基地とセントラル・カセドラルを舞台に繰り広げられる戦いが激化していく中、かつての《アンダーワールド》の守護者たちが、ついに覚醒する。 　整合騎士第二位、ファナティオ・シンセシス・ツー。そして《いにしえの七騎士》が一人、その名は――。

　一方、現実世界の明日奈にも、思いがけない再会が訪れる。
「……ごめん、アスナ。二年間、一度も連絡しなくて」

クリアするまで脱出不可能、ゲームオーバーは本当の“死”を意味する──。 謎の次世代MMO『ソードアート・オンライン（SAO）』の“真実”を知らずログインした約一万人のユーザーと共に、その過酷なデスバトルは幕を開けた。
SAOに参加した一人である主人公・キリトは、いち早くこのMMOの“真実”を受け入れる。 熾烈な冒険（クエスト）を単独で続けるキリトだったが、レイピアの名手・女流剣士アスナの強引な誘いによって彼女とコンビを組むことに。その出会いは、キリトに運命とも呼べる契機をもたらし……。 果たして、キリトはこのゲームから抜け出すことができるのか。

アインクラッド第二層のボスモンスターを、激闘の果てに倒した《ビーター》のキリトと、その暫定的パートナーである細剣使いアスナは、次なるフロアへの階段を上る。　 第三層。　そこで二人を待ち構えていたのは、フロア全体を深く包み込む大森林と、初めての大型キャンペーン・クエストだった。