グラキエスによる全有機生物の全滅という人類存亡の危機を前に、ＡＤＥＭはフリーダムを配下に収めシベリアへと向かわせていた。 　シベリアでは、あきら率いるＬＣ部隊とロシア軍の作戦指揮全権を由宇が持つことになった。 自らの能力を解放すると決心した由宇は周囲の想像を遥かに超える戦術を展開し、戦況を優勢に持ち込み始める。

ロシアで再会した闘真と由宇だったが、闘真は鳴神尊の封印を壊し、禍神の血は解放され完全に目覚めてしまう。 出生の謎も、禍神の血と峰島勇次郎との因縁も明かされた今、闘真の存在は世界を壊しかねなかった。それでも由宇は闘真と一緒に歩める道を示そうとし、二人は新たな絆を手にする。 禍神の血と、もう一人の自分に向き合う闘真。そして、父との関係に決着をつけようとする由宇。二人が選んだ結末の先にあるものは――。 　

かつて「狂気の天才」と呼ばれた一人の科学者がいた。　
彼が残した驚異の発明は「遺産」と呼ばれ、それを求める国家や組織は、今でも後を絶たない――。
そして現在。　
海上に浮かぶ循環環境施設スフィアラボを、武装集団が占拠する事件が発生。 彼らの目的は一つ。「遺産」と呼ばれるスーパーコンピュータを奪取すること。 制圧には困難が予想される中、切り札として召集されたのは拘束具に身を戒められた少女だった！　 「遺産」を熟知する天才的な頭脳に、誰もが心奪われる美貌。　その正体とは一体……。　

ついに解き放たれた謎の少女と兇暴なテロリストの壮絶な闘いが今、始まる！